这是一个系统而复杂的问题，首先我们先弄明白以下几点：
1、COD在污水处理中，并不难降下来，难处理的恰恰是氨氮，它叫化学耗氧量，不是BOD，BOD叫生物耗氧量?；痪浠八?，用菌能处理的只是BOD，并不是COD。BOD是可生化处理的部分，组成BOD的部分主要是有机质，菌剂只能处理BOD。
  一般情况下，COD是大于BOD的，COD中不可生化的部分，菌剂一般是处理不了的。BOD/COD的比值一般是这种污水的可生化性指标之一，所以，如果是说到菌剂来处理，我们就只说BOD了。一般情况下，像生活污水、河道、养殖场粪污等，其COD基本上就是BOD。

2、到底用什么菌降低BOD比较好呢？可以这么说，只要是好氧性的细菌，都能降BOD。差异无非是耗氧分解它们，但在污水处理中，我们更需要经过微生物菌剂处理后，能形成菌胶团（一种絮状物团块）。
  在水产养殖中也有用生物絮团养殖模式的，这其中的生物絮团其实也就是菌胶团。为什么要形成菌胶团呢，因为我们的目的是为了净水，而不仅仅是为了分解有机质。净水的目的就是要把COD中的碳氮元素从污水中拿掉，即富集起来，通过沉淀后去除，彻底的拿掉它，成为干净透明的水。
  这需要我们的菌不仅要分解有机质，还要吸收它们，成为菌体细胞，形成菌胶团。只有形成有一定沉淀性的菌胶团（刚性或粗大的菌胶团），才能通过各种沉淀措施（絮凝剂，斜板沉淀池）把它们沉淀下来，再分离出这些沉淀物，从而实现净水的目的。
  从以上原理上说，我们选择菌剂就有方向了，分解有机质比较好的是芽孢杆菌，因为芽孢杆菌能分泌非常多的有机质分解胞外酶，并吸收它们，枯草芽孢杆菌就比较好了。如果是处理粪污粪便类的生活污水或养殖场污水，则以粪肠球菌屎肠球菌为好（并配合芽孢杆菌类），结合解磷解钾菌类，来释放磷并被吸收成菌胶团中的成分。
  有一些有特殊臭味的如有臭鸡蛋气味硫化氢的，还需要用到硫化物氧化细菌等?；褂形诵⑸锏淖饔?，还要用到酵母菌（产生B族维生素和细菌生长因子，为其他菌类提供特殊营养）。为了减少碳源的投入，有光照的污水处理场，还可以用光合细菌，可以节省人工碳源（因为光合细菌能利用二氧化碳作为碳源）。所以，我们所用的菌必须是一种复合菌。
  说到复合菌，其实比较好的污水处理厂的菌剂。污水处理厂本身经过长期培育出来的叫“活性污泥”，新建议的污水处理场，一般要培育2个月以上?；钚晕勰嘀懈丛拥奈⑸镉敕纤械挠谢镄纬闪烁丛拥氖澄锪矗５本换挝竦氖且煅蹙透哉婢?。
  细菌特别是球状细菌起者最关键的作用，优良运转的活性污泥，是以丝状菌为骨架由球状菌组成的菌胶团。沉降性好，随着活性污泥的正常运行，细菌大量繁殖，开始生长原生动物，是细菌一次捕食者。
  活性污泥常见的原生动物有鞭毛虫、肉毛虫、纤毛虫和吸管虫。活性污泥成熟时固着型的纤毛虫、种虫占优势；后生动物是细菌的二次捕食者，如轮虫、线虫等只能在溶解氧充足时才出现，所以当出现后生动物时说明处理水质好转标志。所以，实际上活性污泥是一种复合型的生物相体。
  在实践中，我们是以培育适合于本场的活性污泥为主。这种活性污泥，在运转一段时间后，趋于稳定，有时为了更好的处理效果，才添加人工菌剂。如强微的“城市垃圾污泥河段处理菌剂”，城市垃圾污泥河段处理菌剂也是一种复合菌剂，其中有好氧菌也有厌氧菌。
  好氧菌中包括粪肠球菌、屎肠球菌、反硝化细菌、解磷解钾菌、硫化物氧化细菌、酵母菌、乳酸片球菌、枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌。其他芽孢杆菌，模拟自然生态按合理的比例菌数复合而成，我们有处理猪场粪污的经验，一般每个月在活性污泥培育池或直接在曝气池中添加10克/立方米，一个月添加一次即可，可以显著增强污水的处理效果。
  所以说，这个问题本身并不是一个单个的菌能处理得了的，即使是在水产养殖池塘中。其实水产养殖水体也是一个污水处理厂，只是其中的COD、氨氮、总磷含量都极小的污水处理厂，并加上了藻类的生态系统，能在极短的时间内形成动态的生态平衡。
3、第三点，要高效处理COD，曝气是重要的一环，既然叫化学耗氧量。生物耗氧量（一般是指五日耗氧量），那么往系统中不断充入氧气是必须的，也是重要的一环，这是耗氧量的氧气来源，是必不可少的。
  只有在充足的溶解氧的前提下，微生物分泌的胞外分解酶才能丰富起来。微生物繁殖的速度快，才能快速的把有机污染物变成菌体细胞本身，才能较快的形成菌胶团。充分的曝气也是培育活性污泥的手段，以曝气为主，厌氧为辅。
4、要降BOD，还得有一个合理的BOD/TN的比例，这个比值，也可以叫碳氮比，即BOD和污水中总氮的比值。良好的高效处理有机污水的这个比值应该在10以上为好，也就是说，光有BOD，没有氮源（实际上不可能没有氮的，粪污中的氮很多），也是降不了BOD的。这是因为微生物菌剂的生长繁殖，需要C、N、P等主要营养元素，以及其他微量元素等；只有C元素（一般代表BOD）而缺少其他元素，也形成不了菌胶团。
  对于采用A/O工艺，即厌氧池/曝气池交替使用，既脱COD又脱总氮的工艺的。也即反硝化池/硝化池,交替使用，或采用大比例的回流（如回流比600%以上的，也相当于交替）的，则BOD/TN的比值最少也要4以上。因为反硝化池会脱氮，间接地也相当于提高了碳氮比。
  所以，具体情况要具体分析，并不是说用某一个菌就能处理一切的问题，不是这样的，不同的污染物来源不同，污水处理厂中所培育出来的活性污泥中的生物相也差别巨大，所用的人工菌剂也会有所不同。所以，这是一个比较系统而复杂的问题。